內的冷卻水與空氣直接接觸，所以空氣中的懸浮顆粒物和酸堿性氣體容易溶入冷卻水中被夾帶進入冷卻塔水槽內，隨著冷卻水循環使用次數的增加，懸浮顆粒物和酸堿物質將在水中形成污垢。如果不及時清理污垢，它們將越積越多，然后通過沉積、阻塞的方式對玻璃鋼冷卻塔內部零件造成不良影響，降低傳熱效率，增加能源消耗，縮短設備的使用壽命。

人們為了解決玻璃鋼冷卻塔循環水的污染問題，想出了三個解決方案。一是利用清洗劑，將清潔劑放入循環水槽中，通過清洗劑與懸浮物或其他微生物反應的方式清潔冷卻水。這個冷卻水處理方式卓有成效，但是清潔劑消耗量過多，處理的成本略高。二是利用過濾器，在玻璃鋼冷卻塔內部設計一個旁流過濾裝置，利用過濾介質對循環水進行過濾，人們可以通過控制水流過過濾器的速度來控制冷卻水的清潔速度。這個冷卻水處理方法效率較高，處理成本也相對較低，值得推廣運用。

玻璃鋼冷卻塔冷卻水處理的第三個方法是定期全塔停機進行人工清潔。清潔人員需進入塔內，將所有冷卻水流過的區域進行清潔，清除各部件表面附著的污垢。在清潔的同時，需將冷卻水排盡，待清潔后再注入新的冷卻水。這個冷卻水處理方法雖然需要停止橫流式冷卻塔的運行，造成一定的經濟損失，但對污垢的處理更為徹底。